云台山世界地质公园管理局是公园的管理机构，包含综合办公室、规划与市场部、遗迹保护与教育部、信息中心、地质公园博物馆、云台山执行管理局、神农山执行管理局、青天河执行管理局、青龙峡执行管理局等下设部门，确保从各个方面对地质、自然和文化遗产的保护和发展。